espèces protégées : quand faut-il une dérogation ?

par | 9 Déc 2022

L’avis très attendu du Conseil d’Etat sur les espèces protégées a été rendu le 9 décembre 2022 (463563).

https://www.conseil-etat.fr/actualites/realisation-de-travaux-et-protection-des-especes-protegees-le-conseil-d-etat-precise-les-regles

ll fait suite à une demande d’avis de la Cour administrative d’appel de Douai (CAA Douai, 27 avril 2022, 20DA01329).

Les sujets sont nombreux et intéressent de nombreux secteurs :  énergies renouvelables, carrières, travaux publics, bâtiment notamment.

S’agissant de l’épineuse question de la probabilité d’atteinte (notamment pour les atteintes involontaires aléatoires à des espèces), il est apporte des précisions sur le seuil de probabilité résiduel évalué par le bureau d’étude. C’est à ce niveau de détail, souvent difficile à appréhender d’un point de vue technique, que se placent les juridictions en cas de recours.

Voici notre première analyse s’agissant de la question du seuil de déclenchement d’un dossier de dérogation.

Tout d’abord, en creux, l’avis du Conseil d’Etat ne retient pas certaines des propositions de son rapporteur public, notamment:

– le seuil de déclenchement d’un dossier de dérogation (DEP) : contrairement à ce qui était proposé, pas d’obligation de DEP quand bien même le risque serait seulement « non négligeable ».

– la distinction entre trois catégories d’atteintes (volontaires, inéluctables et autres).

Ensuite, en clair, l’avis énonce que:

1/ L’évaluation d’un risque d’atteinte aux espèces doit se faire après application des mesures d’évitement et de réduction (E & R). En revanche, pas de celles de compensation (C).

2/ La présence d’espèces protégées dans la zone d’un projet impose d’examiner si une dérogation est requise. Cette obligation s’impose au pétitionnaire et au service instructeur. Elle n’implique pas pour autant qu’un dossier de dérogation soit systématiquement requis dans ce cas.

3/ Une dérogation espèces protégées (issue de la directive Habitats) est nécessaire en cas de risque suffisamment caractérisé pour les espèces, après prise en compte des mesures d’évitement et réduction.

4/ En outre, dès lors que ces mesures d’évitement et de réduction permettent de diminuer – avec des garanties d’effectivité – un risque pour les espèces protégées au point qu’il n’apparaisse plus comme suffisamment caractérisé, un dossier de DEP n’est pas requis.

La référence à des « garanties d’effectivité » permet de prendre en compte les mesures réelles de réduction, sans pour autant exiger qu’elles apportent 100 % d’efficacité (par ex. détection oiseaux pour les éoliennes).

De même, la mention d’un risque qui n’apparaitrait plus « suffisamment caractérisé » va permettre au juge administratif de mener son office en prenant en compte la diversité des méthodes de travail des bureaux d’études, sans se fixer sur une sémantique de l’ordre du « zéro risque » ou du « négligeable ».

L’administration et au besoin la jurisprudence pourront donc apprécier au cas par cas les dossiers et retenir, par exemple, qu’un risque résiduel (après E et R) « faible » atteste d’une diminution telle qu’il n’est plus suffisamment caractérisé.

La conciliation des différents intérêts (notamment biodiversité et énergies renouvelables) devrait s’en trouver améliorée.

Actualité législative – Un nouveau cadre pour les mesures compensatoires

Actualité législative – Un nouveau cadre pour les mesures compensatoires

Ce que change la loi de simplification de la vie économique du 26 mai 2026

L’article 42 de la loi n° 2026-403 du 26 mai 2026 de simplification de la vie économique modifie l’article L.163-1 du code de l’environnement sur deux points essentiels : la temporalité de mise en œuvre des mesures compensatoires et l’étendue du décret d’application. Ces évolutions méritent une attention particulière de la part des maîtres d’ouvrage.

I. Temporalité de mise en œuvre des mesures compensatoires

Les mesures de compensation devaient être effectives pendant toute la durée des atteintes, avec une obligation de résultat. Cela impliquait concrètement que les opérations soient accomplies au plus tard à l’achèvement des travaux — une contrainte souvent difficile à tenir en pratique.

La loi nouvelle assouplit sensiblement cette exigence : les mesures compensatoires pourront désormais être mises en œuvre après le démarrage des travaux, avec pour objectif l’absence de perte nette à terme.

Quatre conditions cumulatives à satisfaire

  1. La complexité ou les délais de mise en œuvre rendent impossible l’effectivité des mesures au moment des atteintes
  2. Le délai supplémentaire doit être « raisonnable » et « pertinent d’un point de vue écologique ».
  3. Ce délai doit être expressément inscrit dans l’arrêté d’autorisation environnementale du projet.
  4. À l’expiration du délai, le maître d’ouvrage doit garantir l’absence de perte nette, voire un gain de biodiversité.

    Contrôle de constitutionnalité

    Saisi de la loi, le Conseil constitutionnel a écarté les critiques dirigées contre cet article, jugeant qu’il ne remettait pas en cause « l’existence d’une obligation de compensation pesant sur le maître d’ouvrage afin de garantir l’absence de perte nette de biodiversité » (Décision n° 2026-903 DC du 21 mai 2026).

    II. Nécessité d’un décret d’application

    La loi élargit également le périmètre du décret en Conseil d’État applicable. Initialement, ce décret ne concernait que le dernier alinéa du II de l’article L. 163-1 du code de l’environnement (voir les articles R. 163-1-A du code de l’environnement et R. 141-6 et R. 151-7 du code de l’urbanisme sur les zones de renaturation préférentielles).

    Désormais, ce décret devra préciser l’ensemble des dispositions de l’article L. 163-1, y compris le nouveau régime issu du I. Il aura pour mission de définir les notions clés introduites par la loi : délai « raisonnable », « pertinence écologique », modalités d’application aux arrêtés complémentaires.

    Régime transitoire : dans l’attente de la publication du décret d’application, l’ancienne version de l’article L. 163-1 continue de s’appliquer. Les maîtres d’ouvrage doivent donc maintenir le respect des exigences antérieures jusqu’à l’entrée en vigueur du nouveau texte réglementaire.

    Nos conseils pratiques aux opérateurs :

    1. Anticiper la justification du délai. Le bénéfice du nouveau régime est conditionné à la démonstration d’une impossibilité pratique. Constituez dès à présent un dossier documenté (complexité technique, délais de transplantation, contraintes écologiques saisonnières) pour étayer cette impossibilité devant l’autorité préfectorale.
    2. Veiller au contenu de l’arrêté d’autorisation. Le délai décalé n’est opposable qu’à la condition d’être expressément mentionné dans un arrêté (autorisation environnementale, mais peut être également arrêté complémentaire). Lors de l’instruction, vérifiez que cet élément figure bien dans le projet d’arrêté et, le cas échéant, demandez-en l’insertion explicite.
    3. Maintenir une obligation de résultat à terme. L’assouplissement calendaire ne dispense pas d’atteindre l’objectif d’absence de perte nette. Mettez en place des indicateurs de suivi et un calendrier de mise en œuvre opposable, afin de démontrer le respect de cet objectif à l’échéance fixée.
    4. Surveiller la publication du décret d’application. Les notions de « délai raisonnable » et de « pertinence écologique » sont pour l’heure indéfinies. Le décret à venir sera déterminant : suivez avec Altes son élaboration et anticipez son impact sur les projets en cours d’instruction.
    OFFRE DE COLLABORATION LIBERALE

    OFFRE DE COLLABORATION LIBERALE

    Altes est un cabinet d’avocats inscrit aux Barreaux de PARIS, de MEAUX et de MARSEILLE intervenant en droit des affaires, droit de la propriété intellectuelle, droit de la construction, droit des assurances, risques industriels et droit de l’environnement, tant en conseil qu’en contentieux pour une clientèle de grands groupes, d’industriels et de PME/ ETI.

    Nous recherchons un avocat collaborateur/trice ayant déjà une à trois années d’expérience, pour travailler essentiellement en droit des affaires à compter d’avril 2026 (conseil et contentieux).

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    Rigoureux(se), dynamique et doté(e) d’une bonne qualité rédactionnelle, le/la candidat(e) aura vocation à être impliqué(e) dans les dossiers traités par l’équipe et participera activement :

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    Certains dossiers sont à traiter en anglais.

    Rémunération à définir avec le/la candidat(e).

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    Méconnaissance des prescriptions d’une installation classée : le préfet doit faire usage de ses pouvoirs de police

    Méconnaissance des prescriptions d’une installation classée : le préfet doit faire usage de ses pouvoirs de police

    La société Cyclamen exploite une installation de tri de métaux non-ferreux depuis à Eguelshardt sous la rubrique 2791 de la nomenclature des installations classées (ICPE). Le 12 janvier 2022, elle a fait enregistrer une demande d’extension de 4570 m².

    Le 3 octobre 2023 puis par un arrêté du 28 août 2025, le préfet a mis en demeure la société de respecter différentes prescriptions, sans succès.

    Le 13 octobre 2025, des riverains ont demandé au préfet d’édicter des sanctions contre la société Cyclamen (au titre du II. de l’article L.171-18 du Code de l’environnement : amende, consignation…) et de soumettre son installation au régime de l’autorisation ICPE.

    Ce dernier n’a pas donné suite, ce qui équivaut à une décision implicite de rejet.

    Afin de contraindre l’administration à agir, Mme A. a demandé au juge administratif des référés de suspendre la décision du préfet (article L. 521-1 du Code de justice administrative).

    Par une ordonnance du 16 mars 2026, le juge des référés du tribunal administratif de Strasbourg relève qu’il existe un doute sérieux sur la décision du préfet.

    Il se fonde sur un rapport de l’inspection des ICPE de décembre 2025 constatant la situation de non-conformité (nombre de points de rejets atmosphériques et localisation des de zones chargement extérieures) pour juger que l’exploitant n’a pas remédié à ces manquements, de nature à porter atteinte aux conditions de vie de la requérante (voisine), notamment à sa santé. Il reconnait à ce titre également l’urgence à intervenir.

    Le juge des référés enjoint donc au préfet de la Moselle de réexaminer la demande de sanctions de la société dans un délai de deux mois.

    Le second moyen tendant à demander au préfet de soumettre l’installation au régime de l’autorisation au titre des ICPE n’est pas retenu, étant jugé que les conditions de ce régime ne sont pas réunies par l’installation en cause.

    Zoom Altes :

    D’une part, si le juge des référés, eu égard à son office restreint (art. L. 511-1 CJA), ne peut pas prononcer lui-même des sanctions, il peut toutefois contraindre le préfet à réexaminer la demande d’un voisin tendant à sanctionner l’exploitant pour ses manquements.

    D’autre part, lorsque l’exploitant d’une ICPE est mis en demeure par le préfet de respecter des prescriptions, il doit soit s’y conformer soit les contester. Autrement, l’exploitant s’expose à des sanctions administratives (amende, consignation,..), y compris en cas d’inertie de l’administration.

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